康熙帝非常赞同明珠、英洛等主张撤藩的大臣的意见，他想：我必须立即采取行动，不能让吴三桂等人得逞。于是康熙帝不顾众臣的反对，说道：“吴三桂蓄谋已久，撤亦反，不撤亦反，所以我决定撤藩。”
吴三桂、耿精忠只是假意请求撤藩，万万没有想到康熙帝会批准。吴三桂恼羞成怒，立即起兵谋反。
吴三桂蓄谋已久，所以来势凶猛，带领将士迅速向湖南、川陕进军。这些地方反清复明的思想仍然存在，吴三桂抓住这一心理，举起了反清复明的大旗。
1674年，吴三桂起兵叛乱第二年，耿精忠在福建起兵造反。1675年，尚之信也在广东造反。三路造反兵马杀气腾腾，势力蔓延到云南、贵州、福建、湖南、湖北等许多省。
吴三桂的叛乱，引起了朝廷震动，反对撤藩的大臣更是惊慌，纷纷主张清君侧，杀掉明珠、英洛等主张撤藩的大臣。还有的大臣主张以江为界，划分为两部分，江南由吴三桂统治管辖。
康熙帝神情严肃地说：“我大清定京以来，连年风调雨顺，五谷丰登，军纪严明，军队战斗力很强，我若以江为界将江南划分给反贼吴三桂，我一对不起列祖列宗，二对不起那些出生入死打天下的将士，三我也无颜再做这个皇帝了。我只要在这个宝座上坐着，就不会答应吴三桂的要求。明珠等大臣何罪之有，撤藩、削藩都是朕的主张，与他人何关。我不能因吴三桂而怪罪我大清忠臣吧。从今以后，谁若妄谈清君侧，我定斩不饶！来人啊，把吴三桂的家人处死。”