清廷入关后，主要是在汉人居住地区与汉人交战，所以很注意发挥汉人藩王的作用。顺治二年(1645)攻取南京，消灭南明福王政权，及追击李自成等战役，均有他们参加。
顺治三年(1646)八月，清廷授孔有德平南大将军，率耿仲明、尚可喜等征湖广。至顺治五年(1648)春，湖南诸郡县方定，并旁取贵州、广西部分地区，桂王转徙广西桂林，孔有德等奉命班师。顺治六年(1649)五月，清廷改封孔有德定南王，命其率兵二万征广西；改耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，各自率兵一万征广东。不久，耿仲明以隐匿逃罪自杀，其子耿继茂代领其众，袭封王爵，南进之师最为顺利，孔有德在是年冬即进占桂林，尚可喜等于次年冬攻克广州，桂王败走梧州。但张献忠大西军余部李定国、白文选等人与南明桂王合作，使南明力量大增,由于李定国进攻四川北部，清廷于顺治八年(1651)命镇守汉中的吴三桂进征四川。吴军力量强大，降清时即号称五万，征战过程又收降、扩员，大约已达七万。李定国等未能在四川立足后又转而争夺广西，于顺治九年七月攻克四川立足后，又转而争夺广西，于顺治九年七月攻克桂林，孔有德阵亡，其子亦被害，部下由其女婿广西将军孙延龄及其女孔四贞统领。因孔有德爵除，“四藩”成为“三藩”。顺治十年(1653)五月，顺治皇帝为协调西南五省力量，采取巢抚兼施的政策，消灭吴三桂王政权，令洪承畴经略五省，兼领江西，授“经略大学士”之印。顺治十四年(1657)十二月，顺治皇帝部署三路进兵方案，诏授吴三桂为平西大将军，与定西将军墨尔根侍卫李国翰从四川入贵州，另有宁南靖寇大将军罗托与经略大学士洪承畴从湖南、征南将军赵布泰与提督线张国安从广西入贵州。