清廷入关后,主要是在汉人居住地区与汉人交战,所以很注意发挥汉人藩王的作用。顺治二年(1645)攻取南京,消灭南明福王政权,及追击李自成等战役,均有他们参加。
顺治三年(1646)八月,清廷授孔有德平南大将军,率耿仲明、尚可喜等征湖广。至顺治五年(1648)春,湖南诸郡县方定,并旁取贵州、广西部分地区,桂王转徙广西桂林,孔有德等奉命班师。顺治六年(1649)五月,清廷改封孔有德定南王,命其率兵二万征广西;改耿仲明为靖南王,尚可喜为平南王,各自率兵一万征广东。不久,耿仲明以隐匿逃罪自杀,其子耿继茂代领其众,袭封王爵,南进之师最为顺利,孔有德在是年冬即进占桂林,尚可喜等于次年冬攻克广州,桂王败走梧州。但张献忠大西军余部李定国、白文选等人与南明桂王合作,使南明力量大增,由于李定国进攻四川北部,清廷于顺治八年(1651)命镇守汉中的吴三桂进征四川。吴军力量强大,降清时即号称五万,征战过程又收降、扩员,大约已达七万。李定国等未能在四川立足后又转而争夺广西,于顺治九年七月攻克四川立足后,又转而争夺广西,于顺治九年七月攻克桂林,孔有德阵亡,其子亦被害,部下由其女婿广西将军孙延龄及其女孔四贞统领。因孔有德爵除,“四藩”成为“三藩”。顺治十年(1653)五月,顺治皇帝为协调西南五省力量,采取巢抚兼施的政策,消灭吴三桂王政权,令洪承畴经略五省,兼领江西,授“经略大学士”之印。顺治十四年(1657)十二月,顺治皇帝部署三路进兵方案,诏授吴三桂为平西大将军,与定西将军墨尔根侍卫李国翰从四川入贵州,另有宁南靖寇大将军罗托与经略大学士洪承畴从湖南、征南将军赵布泰与提督线张国安从广西入贵州。